Dom Afonso Niehues – reitor – após conhecer a opinião dos padres professores, redigiu uma carta endereçada ao Arcebispo, sugerindo o aproveitamento daquele espaço para o Museu da Arquidiocese. A sugestão, passado um tempo de amadurecimento, foi aceita e posta em prática.

O Museu Arquidiocesano Dom Joaquim teve sua origem de fato em 1933, com o recebimento de uma pequena coleção particular de propriedade do Sr. Joca Brandão em troca da gratuidade dos estudos de um de seus filhos no Seminário Menor Metropolitano Nossa Senhora de Lourdes. Instalado de fato e aberto ao público em 03 de agosto de 1960, por ocasião das comemorações do primeiro Centenário de Brusque. A tônica que norteou a guarda e posterior ampliação inicial, foi entender a preservação cultural como estratégia para a valorização do SABER FAZER do homem. Associar preservação cultural ao modelo tradicional de ensino, que na sua maioria ignora os testemunhos do cotidiano do homem, foi o grande mérito de nosso patrono, Pe. Raulino Reitz, que transformou uma célula eminentemente educacional em um dos maiores museus de Santa Catarina, e único em sua especificidade museológica. Inicialmente instalado com o nome “Museu Joca Brandão”, posteriormente “Museu Arquidiocesano Joca Brandão” e hoje “Museu Arquidiocesano Dom Joaquim”, teve como objetivo “recordar a história da colonização teuto-italiana em Santa Catarina, sua época e seu ambiente”. Localizado em Azambuja, município de Brusque o Museu Arquidiocesano Dom Joaquim foi o primeiro em seu gênero e especificidade instalado no extremo sul do país, sendo ainda único.

A magnitude da coleção atual, estimada em quatro mil peças, associada à monumentalidade da edificação que a abriga, faz do Museu Arquidiocesano Dom Joaquim hoje uma presença ímpar na história da preservação cultural em Santa Catarina.

Na década de 50, baseada no acordo verbal estabelecido entre o então professor do Seminário Menor Metropolitano, Pe. Raulino Reitz e o Arcebispo Metropolitano de Florianópolis Dom Joaquim Domingues de Oliveira, a Cúria Metropolitana, ao construir novas instalações para o Seminário Menor Metropolitano, permitiu que a antiga edificação construída em 1907, com a finalidade de abrigar o Hospital Arquidiocesano e posteriormente o Seminário Menor, passasse a ser utilizado para abrigar o acervo e fosse sede das instalações que o Museu já necessitava para sua maior exploração, guarda, exposição e conservação.

Em momento algum houve omissão por parte do poder eclesiástico ou por parte da comunidade, sempre engajados na trajetória do Museu. Objetivando a instalação definitiva do Museu no prédio do antigo Seminário, uma comissão foi constituída. Cabe destacar e ressaltar que a então Diretoria do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (hoje IPHAN), apoiou a iniciativa destacando do Rio de Janeiro um museólogo para colaborar nos trabalhos de coleta, catalogação, pesquisa, documentação e exposição.

O Museu teve seu registro no Conselho Internacional de Museus, sendo o primeiro museu não governamental e instalado fora do eixo Rio-São Paulo-Minas Gerais a ter cadastro e registro na recém criada secção do ICOM-Brasil.

Seqüencialmente, a 15 de maio de 1959, a Cúria Metropolitana expediu uma Circular, solicitando aos reverendos vigários que auxiliassem na campanha de coleta de material para o museu, especialmente para compor a Arte Sacra.

No país, a prática existente é de igrejas, capelas e ordens religiosas exporem seus acervos em pequenos museus de sacristia. O caso do Museu Arquidiocesano Dom Joaquim é o único, não havendo notícias de iniciativa desta natureza no Brasil e na região do MERCOSUL.